Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
KLHL28Q9NXS3 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms