Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
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