Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LHX3Q9UBR4 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms