Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CLN3Q13286 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
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