Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HDAC4P56524 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms