Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMD1Q9UGP4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMD1Q9UGP4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms