Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
EXOSC3Q9NQT5 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
EXOSC3Q9NQT5 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms