Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP28Q96RU2 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms