Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC140Q96MF4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC140Q96MF4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC140Q96MF4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms