Protein–RNA interactions for Protein: Q8IVD9

NUDCD3, NudC domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUDCD3Q8IVD9 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUDCD3Q8IVD9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
NUDCD3Q8IVD9 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUDCD3Q8IVD9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUDCD3Q8IVD9 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.2 ms