Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC34.32■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.09
NPHP3Q7Z494 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
NPHP3Q7Z494 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC34.26■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC34.24■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC34.24■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC34.23■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
NPHP3Q7Z494 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC34.14■■■■□ 3.06
NPHP3Q7Z494 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC34.12■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms