Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS41P49754 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS41P49754 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS41P49754 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS41P49754 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS41P49754 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS41P49754 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS41P49754 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS41P49754 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS41P49754 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS41P49754 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS41P49754 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS41P49754 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS41P49754 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS41P49754 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS41P49754 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS41P49754 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS41P49754 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS41P49754 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS41P49754 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS41P49754 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS41P49754 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS41P49754 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS41P49754 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS41P49754 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS41P49754 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS41P49754 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS41P49754 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS41P49754 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS41P49754 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS41P49754 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS41P49754 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS41P49754 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS41P49754 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS41P49754 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS41P49754 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS41P49754 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS41P49754 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS41P49754 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS41P49754 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS41P49754 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS41P49754 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS41P49754 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS41P49754 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS41P49754 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS41P49754 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS41P49754 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS41P49754 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS41P49754 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS41P49754 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS41P49754 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS41P49754 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS41P49754 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS41P49754 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS41P49754 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS41P49754 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS41P49754 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS41P49754 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS41P49754 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS41P49754 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS41P49754 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS41P49754 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS41P49754 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS41P49754 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS41P49754 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS41P49754 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS41P49754 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS41P49754 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS41P49754 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS41P49754 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms