Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA1P49639 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA1P49639 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 133.8 ms