Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX2P35548 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX2P35548 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX2P35548 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX2P35548 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX2P35548 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSX2P35548 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSX2P35548 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSX2P35548 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSX2P35548 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSX2P35548 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSX2P35548 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSX2P35548 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSX2P35548 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSX2P35548 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSX2P35548 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSX2P35548 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSX2P35548 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSX2P35548 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX2P35548 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX2P35548 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX2P35548 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX2P35548 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX2P35548 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSX2P35548 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSX2P35548 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX2P35548 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX2P35548 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX2P35548 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX2P35548 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX2P35548 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSX2P35548 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSX2P35548 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSX2P35548 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX2P35548 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX2P35548 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX2P35548 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX2P35548 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSX2P35548 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX2P35548 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX2P35548 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX2P35548 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX2P35548 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX2P35548 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSX2P35548 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX2P35548 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX2P35548 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX2P35548 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX2P35548 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX2P35548 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSX2P35548 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX2P35548 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX2P35548 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX2P35548 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX2P35548 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSX2P35548 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX2P35548 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX2P35548 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX2P35548 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX2P35548 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSX2P35548 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSX2P35548 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX2P35548 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX2P35548 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX2P35548 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX2P35548 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX2P35548 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSX2P35548 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX2P35548 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX2P35548 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX2P35548 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX2P35548 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX2P35548 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSX2P35548 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms