Protein–RNA interactions for Protein: P33076

CIITA, MHC class II transactivator, humanhuman

Predictions only

Length 1,130 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CIITAP33076 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CIITAP33076 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CIITAP33076 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CIITAP33076 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CIITAP33076 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CIITAP33076 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CIITAP33076 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CIITAP33076 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CIITAP33076 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CIITAP33076 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CIITAP33076 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CIITAP33076 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CIITAP33076 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CIITAP33076 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CIITAP33076 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CIITAP33076 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CIITAP33076 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CIITAP33076 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CIITAP33076 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CIITAP33076 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CIITAP33076 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CIITAP33076 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CIITAP33076 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CIITAP33076 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CIITAP33076 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CIITAP33076 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CIITAP33076 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CIITAP33076 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CIITAP33076 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CIITAP33076 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CIITAP33076 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CIITAP33076 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CIITAP33076 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CIITAP33076 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CIITAP33076 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CIITAP33076 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CIITAP33076 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CIITAP33076 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CIITAP33076 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CIITAP33076 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CIITAP33076 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CIITAP33076 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CIITAP33076 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CIITAP33076 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CIITAP33076 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CIITAP33076 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CIITAP33076 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CIITAP33076 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CIITAP33076 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CIITAP33076 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CIITAP33076 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CIITAP33076 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CIITAP33076 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CIITAP33076 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CIITAP33076 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CIITAP33076 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CIITAP33076 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CIITAP33076 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CIITAP33076 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CIITAP33076 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CIITAP33076 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CIITAP33076 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CIITAP33076 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CIITAP33076 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CIITAP33076 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CIITAP33076 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CIITAP33076 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CIITAP33076 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CIITAP33076 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CIITAP33076 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CIITAP33076 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CIITAP33076 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CIITAP33076 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CIITAP33076 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CIITAP33076 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CIITAP33076 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CIITAP33076 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CIITAP33076 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CIITAP33076 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CIITAP33076 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CIITAP33076 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CIITAP33076 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CIITAP33076 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CIITAP33076 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CIITAP33076 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CIITAP33076 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CIITAP33076 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CIITAP33076 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms