Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
SNHG28P0DPA3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SNHG28P0DPA3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SNHG28P0DPA3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.5 ms