Protein–RNA interactions for Protein: A6NCK2

TRIM43B, Tripartite motif-containing protein 43B, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM43BA6NCK2 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.54■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM43BA6NCK2 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM43BA6NCK2 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM43BA6NCK2 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRIM43BA6NCK2 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM43BA6NCK2 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms