Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRPF3Q9ULD4 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms