Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF1P22415 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF1P22415 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF1P22415 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF1P22415 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF1P22415 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF1P22415 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms