Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms