Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ATG4BQ9Y4P1 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms