Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USP53Q70EK8 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms