Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms