Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms