Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms