Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS54Q9P1Q0 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS54Q9P1Q0 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS54Q9P1Q0 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS54Q9P1Q0 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS54Q9P1Q0 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS54Q9P1Q0 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
VPS54Q9P1Q0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms