Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TFF3Q07654 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.11
TFF3Q07654 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TFF3Q07654 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TFF3Q07654 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms