Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TNFRSF4P43489 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TNFRSF4P43489 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TNFRSF4P43489 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms