Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
COL8A1P27658 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL8A1P27658 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL8A1P27658 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.8 ms