Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL5A1P20908 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
COL5A1P20908 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A1P20908 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A1P20908 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms