Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms