Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HERPUD2Q9BSE4 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms