Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.324e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.324e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AP5Z1-207ENST00000496303 5660 ntTSL 217.01■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-214ENST00000591779 994 ntTSL 216.98■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PCYT2-212ENST00000572995 804 ntTSL 316.96■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.34e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTK2B-209ENST00000496920 379 ntTSL 316.92■□□□□ 0.34e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.34e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.34e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BORCS8-MEF2B-204ENST00000602276 708 ntTSL 516.86■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 N6AMT1-203ENST00000460212 1293 ntTSL 1 (best)16.85■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.294e-6■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.281e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.274e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.274e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.274e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 HAUS8-207ENST00000598517 1055 ntTSL 516.72■□□□□ 0.274e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.264e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SNX33-202ENST00000569152 2265 ntTSL 216.69■□□□□ 0.264e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ADCY7-207ENST00000564965 578 ntTSL 416.61■□□□□ 0.254e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.244e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PCYT2-211ENST00000572924 732 ntTSL 216.55■□□□□ 0.244e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MTM1-204ENST00000424519 361 ntTSL 316.53■□□□□ 0.244e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-224ENST00000551630 539 ntTSL 1 (best)16.52■□□□□ 0.244e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC16.51■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CCM2-215ENST00000482714 1459 ntTSL 216.5■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ADCY7-213ENST00000568933 170 ntTSL 316.48■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SAP30BP-222ENST00000583737 525 ntTSL 416.47■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.224e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FNBP1-207ENST00000478129 730 ntTSL 316.39■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ZNF232-202ENST00000570486 2384 ntTSL 516.37■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DDX41-205ENST00000505081 2949 ntTSL 216.36■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-207ENST00000587214 539 ntTSL 416.34■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SNX29-203ENST00000564111 2248 ntTSL 216.29■□□□□ 0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-204ENST00000585909 570 ntTSL 216.26■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PES1-208ENST00000441668 999 ntTSL 316.26■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MYLK-207ENST00000464489 5901 ntTSL 1 (best)16.16■□□□□ 0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-203ENST00000585811 625 ntTSL 216.16■□□□□ 0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ZNF232-206ENST00000574735 1907 ntTSL 216.14■□□□□ 0.174e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 RHOC-219ENST00000534717 574 ntTSL 316.11■□□□□ 0.174e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ADCY7-206ENST00000564044 575 ntTSL 316.07■□□□□ 0.164e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAGLN-201ENST00000278968 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best)16.06■□□□□ 0.164e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BX322639.1-204ENST00000609502 556 ntTSL 416.04■□□□□ 0.164e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-205ENST00000586771 742 ntTSL 316■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MSL2-203ENST00000473093 543 ntTSL 416■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MGRN1-213ENST00000590790 994 ntTSL 515.97■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SIRT2-218ENST00000496069 606 ntTSL 215.97■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FADS2-204ENST00000517312 588 ntTSL 515.87■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NAF1-204ENST00000509232 2329 ntTSL 215.84■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BEST1-204ENST00000524926 2404 ntTSL 215.75■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AC104836.1-201ENST00000635934 5944 ntTSL 515.75■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CMTR1-203ENST00000457419 769 ntTSL 315.74■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DEXI-203ENST00000570992 626 ntTSL 315.71■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MYO1F-205ENST00000595191 872 ntTSL 215.67■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ZPR1-204ENST00000429220 2364 ntTSL 515.66■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ARVCF-210ENST00000492625 631 ntTSL 315.59■□□□□ 0.094e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ERN1-206ENST00000583896 571 ntTSL 515.59■□□□□ 0.094e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TRAPPC2L-204ENST00000562792 542 ntTSL 415.57■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTK2B-204ENST00000412793 818 ntTSL 315.56■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AP5Z1-203ENST00000477454 576 ntTSL 415.55■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-208ENST00000587858 569 ntTSL 415.54■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 VAMP4-203ENST00000474047 1738 ntTSL 1 (best)15.51■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ASS1-202ENST00000372386 667 ntTSL 315.5■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TMEM55B-207ENST00000557041 3453 ntTSL 215.38■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1411.3 ms