Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SKA3Q8IX90 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms