Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms