Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SYNE3Q6ZMZ3 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SYNE3Q6ZMZ3 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms