Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
USP4Q13107 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
USP4Q13107 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
USP4Q13107 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms