Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
ATG4BQ9Y4P1 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms