Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms