Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
KLHL28Q9NXS3 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms