Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
USP4Q13107 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP4Q13107 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP4Q13107 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP4Q13107 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP4Q13107 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
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USP4Q13107 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
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USP4Q13107 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
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USP4Q13107 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP4Q13107 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
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