Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
NUP88Q99567 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NUP88Q99567 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms