Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms