Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS4AQ9UN37 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS4AQ9UN37 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms