Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMA1Q9UHB6 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.57■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.53■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.51■■■□□ 2
LIMA1Q9UHB6 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
LIMA1Q9UHB6 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMA1Q9UHB6 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMA1Q9UHB6 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 183.7 ms