Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SMARCAL1Q9NZC9 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms