Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
EXOSC3Q9NQT5 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
EXOSC3Q9NQT5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
EXOSC3Q9NQT5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms