Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM56Q9BRZ2 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM56Q9BRZ2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM56Q9BRZ2 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM56Q9BRZ2 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 166.6 ms