Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
HLA-CQ95604 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HLA-CQ95604 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HLA-CQ95604 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HLA-CQ95604 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HLA-CQ95604 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HLA-CQ95604 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
HLA-CQ95604 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HLA-CQ95604 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HLA-CQ95604 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms