Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG4P49917 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG4P49917 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG4P49917 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIG4P49917 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIG4P49917 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIG4P49917 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIG4P49917 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
LIG4P49917 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIG4P49917 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIG4P49917 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIG4P49917 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIG4P49917 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIG4P49917 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIG4P49917 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIG4P49917 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIG4P49917 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
LIG4P49917 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIG4P49917 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIG4P49917 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIG4P49917 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIG4P49917 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG4P49917 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG4P49917 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG4P49917 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG4P49917 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG4P49917 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG4P49917 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG4P49917 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIG4P49917 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.57■■■□□ 2
LIG4P49917 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG4P49917 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
LIG4P49917 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG4P49917 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.56■■■□□ 2
LIG4P49917 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
LIG4P49917 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG4P49917 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.55■■■□□ 2
LIG4P49917 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG4P49917 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIG4P49917 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG4P49917 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG4P49917 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
LIG4P49917 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
LIG4P49917 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
LIG4P49917 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG4P49917 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG4P49917 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG4P49917 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG4P49917 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG4P49917 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG4P49917 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG4P49917 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG4P49917 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG4P49917 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG4P49917 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG4P49917 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG4P49917 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG4P49917 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG4P49917 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG4P49917 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG4P49917 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG4P49917 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG4P49917 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG4P49917 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG4P49917 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG4P49917 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG4P49917 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG4P49917 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG4P49917 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG4P49917 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG4P49917 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG4P49917 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG4P49917 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG4P49917 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG4P49917 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG4P49917 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms